「 月別アーカイブ：2023年02月 」 一覧

研究の概要 本研究の目的は、パンクリー腺管腺癌（PDAC）のためのオープンソースの遺伝子発現解析プラットフォームを開発し、2つの異なるPDACサブタイプを特定する性能を評価することでした。 プラットフォームは、pdacRと呼ばれ、PDAC患者からの公開可能な遺伝子発現データを使用して開発されました。 プラットフォームは、階層的クラスタリング、主成分分析、遺伝子セットエンリッチメント分析などのさまざまな方法を使用して評価されました。 結果は、pdacRが2つの異なるPDACサブタイプを正確に特定でき、それらは異なる臨床的結果に関連していることを示しました。 研究はまた、pdacRがPDAC患者のケモテラピーへの反応を正確に予測できることを示しました。 研究の概要 本研究の目的は、パンクリー腺管腺癌（PDAC）のためのオープンソースの遺伝子発現解析プラットフォームを開発し、2つの異なるPDACサブタイプを特定する性能を評価することでした。プラットフォームは、pdacRと呼ばれ、PDAC患者からの公開可能な遺伝子発現データを使用して開発されました。プラットフォームは、階層的クラスタリング、主成分分析、遺伝子セットエンリッチメント分析などのさまざまな方法を使用して評価されました。 使用された方法 著者らは、pdacRプラットフォームの性能を評価するために、さまざまな方法を使用しました。まず、2つの異なるPDACサブタイプを特定するために階層的クラスタリングを使用しました。次に、2つのサブタイプをより詳しく特徴付けるために主成分分析を使用しました。最後に、2つのサブタイプ間で差異的に発現している遺伝子を特定するために遺伝子セットエンリッチメント分析を使用しました。 結果 研究の結果は、pdacRが2つの異なるPDACサブタイプを正確に特定できたことを示しました。2つのサブタイプは、全生存率やケモテラピーへの反応など、異なる臨床的結果に関連していました。著者らはまた、pdacRがPDAC患者のケモテラピーへの反応を正確に予測できることを示しました。 結論 著者らは、オープンソースのpdacRプラットフォームは、PDAC遺伝子発現データの解析に有用なツールであると結論付けました。プラットフォームは、異なる臨床的結果に関連している2つの異なるPDACサブタイプを正確に特定できました。著者らはまた、pdacRがPDAC患者のケモテラピーへの反応を正確に予測できることを示しました。

The role of non-additive gene action on gene expression variation in plant domestication Summary of the article Non-additive gene action is an important factor in the domestication of plants. It is the interaction between two or more genes that results in a phenotype that is different from the sum of the individual gene effects. Non-additive gene action can be divided into two categories: dominance and epistasis. Dominance is the effect of one gene on the expression of another gene, while epistasis is the effect of two or more genes on the expression of a single gene. Non-additive gene action has ...

Open-source curation of a pancreatic ductal adenocarcinoma gene expression analysis platform (pdacR) supports a two-subtype model Summary of the Study The study aimed to develop an open-source gene expression analysis platform for pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and to evaluate its performance in identifying two distinct subtypes of PDAC. The platform, called pdacR, was developed using publicly available gene expression data from PDAC patients. The platform was evaluated using a variety of methods, including hierarchical clustering, principal component analysis, and gene set enrichment analysis. The results showed that pdacR was able to accurately identify two distinct subtypes of PDAC, which were ...

研究の概要 本研究の目的は、パンクリー腺管腺癌（PDAC）のオープンソースの遺伝子発現解析プラットフォームを開発し、2つの異なるPDACサブタイプを特定する性能を評価することでした。 プラットフォームは、pdacRと呼ばれ、PDAC患者からの公開可能な遺伝子発現データを使用して開発されました。 プラットフォームは、階層的クラスタリング、主成分分析、遺伝子セットエンリッチメント分析などのさまざまな方法を使用して評価されました。 結果は、pdacRが2つの異なるPDACサブタイプを正確に特定でき、それらは異なる臨床的結果に関連していることを示しました。 研究はまた、pdacRがPDAC患者のケモテラピーへの反応を正確に予測できることを示しました。 研究の概要 本研究の目的は、パンクリー腺管腺癌（PDAC）のオープンソースの遺伝子発現解析プラットフォームを開発し、2つの異なるPDACサブタイプを特定する性能を評価することでした。プラットフォームは、pdacRと呼ばれ、PDAC患者からの公開可能な遺伝子発現データを使用して開発されました。プラットフォームは、階層的クラスタリング、主成分分析、遺伝子セットエンリッチメント分析などのさまざまな方法を使用して評価されました。 使用された方法 著者らは、pdacRプラットフォームの性能を評価するために、様々な方法を使用しました。まず、2つの異なるPDACサブタイプを特定するために階層的クラスタリングを使用しました。次に、2つのサブタイプをより詳しく特徴付けるために主成分分析を使用しました。最後に、2つのサブタイプ間で差異的に発現している遺伝子を特定するために遺伝子セットエンリッチメント分析を使用しました。 結果 研究の結果は、pdacRが2つの異なるPDACサブタイプを正確に特定できたことを示しました。2つのサブタイプは、全生存率やケモテラピーへの反応など、異なる臨床的結果に関連していました。著者らはまた、pdacRがPDAC患者のケモテラピーへの反応を正確に予測できることを示しました。 結論 著者らは、オープンソースのpdacRプラットフォームは、2つの異なるPDACサブタイプを特定し、PDAC患者のケモテラピーへの反応を予測するための有用なツールであると結論付けました。このプラットフォームは無料で利用でき、PDACの診断と治療を改善するのに役立ちます。

研究の概要 本研究の目的は、mRNAワクチンおよび以前の感染の遺伝的影響をSARS-CoV-2感染において識別することである。 著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染に関連する遺伝子モジュールを識別するために重み付けられた遺伝子共発現ネットワーク解析（WGCNA）を用いた。 著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染に関連する2つの遺伝子モジュールを識別した。 著者らは、mRNAワクチン関連の遺伝子モジュールが免疫応答および炎症に関与する遺伝子に富んでいることを見出した。 著者らはまた、以前の感染関連の遺伝子モジュールが細胞周期およびDNAの複製に関与する遺伝子に富んでいることを見出した。 著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染がSARS-CoV-2感染において異なる遺伝的影響をもたらすことを結論付けた。 研究の詳細な概要 本研究の目的は、mRNAワクチンおよび以前の感染の遺伝的影響をSARS-CoV-2感染において識別することである。そのために、著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染に関連する遺伝子モジュールを識別するために重み付けられた遺伝子共発現ネットワーク解析（WGCNA）を用いた。著者らは、1000 Genomes Projectからデータを用いて、mRNAワクチンおよび以前の感染に関連する遺伝子モジュールを識別した。著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染に関連する2つの遺伝子モジュールを識別した。mRNAワクチン関連の遺伝子モジュールは、免疫応答および炎症に関与する遺伝子に富んでいた。以前の感染関連の遺伝子モジュールは、細胞周期およびDNAの複製に関与する遺伝子に富んでいた。著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染がSARS-CoV-2感染において異なる遺伝的影響をもたらすことを結論付けた。著者らは、mRNAワクチンおよび以前の感染がSARS-CoV-2感染における遺伝的影響のメカニズムを理解するために、さらなる研究が必要であると提案した。

Open-source curation of a pancreatic ductal adenocarcinoma gene expression analysis platform (pdacR) supports a two-subtype model Summary of the Study This study aimed to develop an open-source gene expression analysis platform for pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and to evaluate its performance in identifying two distinct subtypes of PDAC. The platform, called pdacR, was developed using publicly available gene expression data from PDAC patients. The platform was evaluated using a variety of methods, including hierarchical clustering, principal component analysis, and gene set enrichment analysis. The results showed that pdacR was able to accurately identify two distinct subtypes of PDAC, which were ...

Weighted gene co-expression network-based identification of genetic effect of mRNA vaccination and previous infection on SARS-CoV-2 infection Summary of the Study This study aimed to identify the genetic effects of mRNA vaccination and previous infection on SARS-CoV-2 infection. The authors used a weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) to identify gene modules associated with mRNA vaccination and previous infection. The authors identified two gene modules associated with mRNA vaccination and previous infection. The authors found that the mRNA vaccination-associated gene module was enriched for genes involved in immune response and inflammation. The authors also found that the previous infection-associated gene ...